题目：Determining and characterizing epigenomic patterns across cells and individuals by comparative epigenomics
报告人： 张世华
时间： 2015年11月13日10点
地点： 电信大楼403室
组织单位：计算机科学与技术系
邀 请 人：赵兴明
报告人简介：张世华，中国科学院数学与系统科学研究院副研究员。国家自然科学基金“优秀青年基金”入选者，曾经荣获第十三届中国青年科技奖、2013年度中国科学院卢嘉锡青年人才奖、2010年度全国百篇优秀博士论文奖、2008年度中国科学院院长奖特别奖等；入选“陈景润未来之星”特殊人才计划（2011年）和“中国科学院青年创新促进会”（2011年），并任数理分会会长。主要研究领域为运筹学、统计学与生物信息学，主要研究兴趣包括计算癌症基因组学、表观遗传学和网络生物学。目前担任国际期刊BMC Genomics的副编辑，ISRN Applied Mathematics和Frontiers in Statistical Genetics and Methodology的编委，以及多个学术会议的程序委员会成员；发起组织“数学、计算机与生命科学交叉研究青年学者论坛”和IEEE ISB会议的Highlight系列，并分别任（共同）主席。
内容提要： Chromatin modifications and DNA methylation have been comprehensively illustrated to play important roles in gene regulation and cell diversity in recent years. In this talk, I will first present a computational method using differential chromatin modification analysis (dCMA) to identify cell-type specific genomic regions with distinctive chromatin modifications. We found cell-type specific elements unique to each cell type investigated using this method. I will also present a comparative analysis of DNA methylation data across 54 human cell lines. We reported the common methylation patterns, cell lineage- and cell line-specific DNA methylation patterns across multiple cell lines. Finally, I will introduce a systematic pan-cancer comparative DNA methylation investigation of thousands of patients of 12 cancers. These results demonstrate the power of comparative epigenomic strategy in deciphering human genome and characterizing cell and cancer specificity.
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